八旗初建时兵民合一，全民皆兵，凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。入关以后，为了巩固满族贵族的统治，加强对全国各族人民的控制，同时为了解除八旗官兵的后顾之忧，更好地为清王朝效命，建立了八旗常备兵制和兵饷制度，与绿营共同构成清朝统治全国的强有力的军事工具，八旗兵从而成了职业兵。八旗兵无论满洲、蒙古或汉军，均以营为单位，由都统及副都统率领，称作骁骑营，用于驻防或征战。并有炮营、枪营、护炮藤牌营，附属于汉军骁骑营。

八旗有一套完整的制度。如封爵，天命、天聪八旗大纛时期定王公爵止于贝勒，崇德元年始定亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、镇国将军、辅国将军、奉国将军九等。顺治十年（）增奉恩将军为十等。亦有异姓封王、公、侯、伯、子、男的，但汉人甚少。清代世职，太宗时与官名本多相同，顺治四年成为荣誉称号。乾隆元年定民爵精奇尼哈番为子爵，阿思哈尼哈番为男爵，阿达哈哈番为轻车都尉，拜他喇布勒哈番为骑都尉，拖沙喇哈番为云骑尉。八旗按引军旗色定户籍。壮丁原则上三年编审一次，分正户、另户、另记档案及旗下家人等。八旗兴办宗室觉罗学、官学等，课其子弟。八旗宗室王公及官兵的婚丧等均有规定。清初定满汉不通婚，直到光绪二十七年（）才取消禁令，实际上民间早已通婚。

禁卫军制清朝定都北京以后，绝大部分八旗兵丁屯驻在北京附近，戍卫京师的八旗则按其方位驻守，称驻京八旗，俗称京旗。另抽出一部分旗兵派驻全国各重要城市和军事要地，称驻防八旗。驻京八旗负责皇宫和京师的安全，实即禁军。清禁卫军制大类有二，即郎卫和兵卫。郎卫即指御前侍卫，专门负责皇帝及后妃等的警卫与服务，其内部又根据具体任务的不同，设置侍卫处、銮仪卫、善扑营等不同的机构。侍卫处初选上三旗子弟中才武出众者分班人值，掌上三旗侍卫亲军之政令，供宿卫扈从之需。銮仪卫亦系侍从武职，掌管帝、后车驾仪仗等机构。宣统元年（）避溥仪名讳，改为銮舆卫。善扑营，顺治初年曾设善射鹄、善强弓、善扑等侍卫，各有专管，统在三旗额内。康熙八年为惩治鳌拜专横乱政，选侍卫中一部分年少有力者练习扑击之戏，鳌拜入见时，即令侍卫等掊而絷之，于是有善扑营之设。该营专习掼交、射箭、扁马马等技艺，供皇帝游玩宴乐时表演。兵卫即指京师及宫禁的警卫，也根据不同的任务及防卫的需要，分设前锋、护军、步兵等不同的营制。

八旗的驻防入关以前，已有八旗驻防之设。清统治全国以后，分为畿辅驻防、东三省驻防和各直省驻防。畿辅驻防为守卫京师附近地区，包括保定、张家口、热河、察哈尔及木兰围场等地。各省驻防多为省会或重镇。八旗驻地及兵额，视各代而有增损、裁并，但变化不是太大。清末全国驻防共有八百一十七个佐领。

八旗在全国各地驻防，一般不设都统。在重要地区如盛京、吉林、黑龙江、江宁、杭州、福州、广州、荆州、西安、成都、绥远等处设将军。凡设将军处下设副都统。将军为该地区的最高军事长官，但不理民政。后热河、察哈尔由副都统升为都统后，即为该地区长官。

八旗的旗务管理无论满洲、蒙古或汉军，均由固山额真管理。顺治十七年，固山额真一律改称都统。各旗均设都统一人，副都统二人。雍正元年，设八旗都统衙门，由上述各旗都统二十四人及副都统四十八人组成，掌满洲、蒙古、汉军八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋。凡八旗之方位，京师及各地之驻防，陵寝守卫，壮丁编审，选子弟充执事，选送秀女，以授地之法定八旗世业，奴仆管理，田租定额，房产购置，红白赏恤，选送俊秀入官学出具考试名册，会选旗营官员，功过劝惩，世职袭废，稽户丁，定兵额，选马甲等等，无不统一管理。

八旗的兴衰八旗制度建立在“兵民合一”的基础上，入关前没有兵饷规定。天聪四年皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”当时，兴京（今辽宁新宾）内城居宗室勋戚，外城居宿卫亲兵万余。此外远近十余万户，散处辽河东西，无事耕猎，有事征调，征调时所发行粮也很有限。清统治全国以后，八旗兵饷的主要形式是坐粮，包括钱、粮两部分，从征时发给部分行粮。八旗兵丁按其兵种可分为亲军、前锋、护军、领催、马甲、步兵、炮甲、养育兵、匠役等，其兵饷的数量亦有所差别，且时有增损。

清军入关，满族人口大量涌入北京及其附近地区，为了安置八旗官兵和闲散人口的生活，从顺治元年底至康熙四年清政府共进行了三次大规模的圈地运动，八旗满洲、蒙古、汉军官兵三次共分得旗地二百三十三万五千四百七十七晌零九亩。八旗兵丁的份地为五晌（一晌约六亩），终清没有大的变化。兵丁份地大多数靠本人带同家属从事耕种，后迫于生计多被典押出去。清初规定旗民不交产，几经反复，直到光绪三十一年才最后取消禁令。

清统治全国以后，由于八旗制度的严重束缚，八旗兵丁生计日渐拮据。八旗生计问题主要是北京正身旗人的生活问题。康熙、雍正时业已出现，乾隆初更趋严重，从而引起清统治集团的严重关注。康熙、雍正时曾先后赏赐银两数次，但不久即罄尽无余，于是增加兵额，扩大食饷面。雍正二年始设教养兵，后改称养育兵，给予钱米。光绪时养育兵共计两万七千四百零八人，清末达到两万九千二百零七人。乾隆时曾准许京城和各省驻防汉军八旗出旗为民，令其各得生计。但直至清末，八旗生计问题非但没有解决，而且陷于贫困的境地。